1956年1月水文地质工程地质研究所成立
1961年6月水文地质工程地质研究所改为局直属研究室
1962年10月水文研究室由室改为所-水文地质工程地质研究所
1965年3月水文所由北京迁至河北正定--地质部钻探机工学校
1966年6月地质部提请石家庄地委加强对水文所的领导
1969年4月部直属管理的水文研究所交地质科学院领导
1969年4月河北省革命委员会责成石家庄地区革命委员会就近继续加强对水文所领导
1970年9月水文地质工程地质研究所下放给河北省，实行双重领导，以省为主管理，1971年起由省负责
1977年12月“地质科学研究院水文地质工程地质研究所”改为“正定水文地质工程地质研究所”
1978年3月国务院批准将所的管理体制改为政治思想工作以省为主，业务工作以国家地质总局为主的双重领导
1978年4月所改名为国家地质总局水文地质工程地质研究所。政治思想工作由省科委领导（属地师级）
1978年7月省委组织部通知，水文所的党组织关系由地委领导
1979年2月国家地质总局批复所仍由水文局归口管理
1980年9月水文所以水文局为主地科院为辅双重领导
1982年6月部党组决定 原水文局所属水文 所交地质科学院领导，业务上接受水文司指导
1987年7月所党的关系由石家庄地委转交石家庄市委科教部管
1999年6月水文所更名为水资源环境地质研究所（由水文所和水文地质工程地质技术方法研究所组成）
1999年8月更名为中国地质科学院水文地质环境地质研究所
2000年11月原地矿部水文地质工程地质研究所更名为中国地质科学院水文地质环境地质研究所
2001年10月地科院所属七个所转为非营利性研究所（试点）
2002年12月所加挂中国地质调查局水文地质环境地质专业中心牌子
2005年1月所由部整体划归中国地质调查局，实行统一管理
2005年6月所党的组织关系由石家庄市转移到省直工委
2005年8月中国地质科学院水文地质环境地质研究所党组织关系、工会组织关系归属省直工委管理
2006年6月16日举行建所五十周年暨张院士八十华诞庆典活动。
2006年10月我所具体筹办的第34届国际水文地质大会成功召开。
2008年5月我所参加抗震救灾地质灾害应急排查工作受到国土资源部表彰，水文地质专业委员会被中国科协授予抗震救灾先进集体称号。